河南中医药大学现设有中医学院（仲景学院）、医学院、药学院、管理学院、外语学院、信息技术学院、护理学院、康复医学院、继续教育学院、国际教育学院、马克思主义学院、体育健康学院、第一临床医学院（中西医结合学院）、儿科医学院、第二临床医学院、骨伤学院、第三临床医学院、第五临床医学院、河南中医药大学管理科大联合学院、本草书院、尚真书院、仲景书院等22个学院及书院。